കണിക്കൊന്നയാകമാനം ഔഷധമാണ്. ആയുർവേദത്തിൽ ഇപ്രകാരമാണ് ഗുണങ്ങൾ അടയാളപ്പെടുത്തുന്നത്. പട്ട, ഫലത്തിന്റെ മജ്ജ, വേര്, പൂവ്, ഇല എല്ലാം മരുന്നായി ഉപയോഗിക്കാം. കണിക്കൊന്നയുടെ ഔഷധഗുണം പ്രാചീന കാലത്തുതന്നെ അറിയപ്പെട്ടിരുന്നു. ശുശ്രുത-ചരക പൈതൃകങ്ങിലൊക്കെ ഈ സസസ്യത്തെക്കുറിച്ച് പറയുന്നുണ്ട്. കണിക്കൊന്നയിൽ വിരേചന ഗുണമാണ് മുന്നിട്ടു നിൽക്കുന്നത്. അതുകൊണ്ടുതന്നെ ത്വക് രോഗങ്ങൾക്ക് കൺകണ്ട മരുന്നും. അതിനാൽ കണിക്കൊന്നയ്ക്ക് ശരീരകാന്തി വർധിപ്പിക്കാൻ കഴിയും. സോറിയാസിനെ ശമിപ്പിക്കാനുള്ള കഴിവും ഈ പൂവിനുണ്ട്. കോശതലങ്ങളിൽ അടിഞ്ഞുകൂടുന്ന വിഷാംശങ്ങളെ പുറന്തള്ളാൻ കണിക്കൊന്ന സഹായിക്കുന്നു.
ഉണങ്ങാത്ത വ്രണങ്ങൾ, മുഴകൾ, വാതരക്തം, ആമവാതം, മഞ്ഞപ്പിത്തം, ഹൃദ്രോഗം തുടങ്ങിയ രോഗാവസ്ഥകളിൽ കണിക്കൊന്ന ഉപയോഗിക്കാറുണ്ട്. നീരിനെ വിലയിപ്പിക്കാനും കരൾ സംരക്ഷണത്തിനും വിഷജന്തുക്കളുടെ കടിയേറ്റുണ്ടാകുന്ന നീരും വേദനയും മാറാനും മരുന്നായി പ്രയോഗിക്കുന്നു. കുടലിനെ ബാധിക്കുന്ന രോഗങ്ങൾ, ജ്വരം, കുഷ്ടം, പ്രമേഹം എന്നീ അവസ്ഥകളിലും കണിക്കൊന്ന ഫലവത്തായ ഔഷധമാകാറുണ്ട്.
കണിക്കൊന്നയുടെ പാകമായ കായ്കൾ മണലിൽ ഒരാഴ് സൂക്ഷിച്ചെടുത്ത് വെയിലിൽ ഉണക്കി പൾപ്പെടുത്ത് വൃത്തിയുള്ള പാത്രത്തിൽ സൂക്ഷിച്ച് വിരേചന ഔഷധമായി ഉപയോഗിക്കാമെന്ന് ചരക സംഹിതയിൽ കൽപ്പസ്ഥാനത്ത് പറയുന്നു. കൊന്നക്കായയുടെ കുരുകളഞ്ഞ് മാംസഭാഗം പാലിൽ കാച്ചി പഞ്ചസാരയും ചേർത്ത് കഴിച്ചാൽ മലബന്ധം, അതോടനുബന്ധിച്ചുള്ള വയറുവേദന ഇവക്ക് ഫലപ്രദമാണ്.